單音束測深資料
海研一號、海研二號及海研三號主要的單音束測深系統(single-beam echo sounder system，SBES)為EK500/EK60，音鼓之發射音頻為38 kHz，其測深能力在3,000 m以內，海研一號另裝設有ELAC4700 12 kHz單束聲納與Bathy2000 3.5 kHz連續變頻聲納，可以測到6,000 m以上的深度；海研一號自643航次開始，MIDAS電子資料收集系統可同時記錄二部以上聲納的數位水深數值資料，雖然並非每個航次都有連續變頻聲納數值，但若搭配ELAC4700 12 kHz的資料，便可輔助深水區的資料合理與否之判斷，比對使用可提高單筆水深資料的可信度與深水區的資料量。整編時視資料點的所在區域以及水深數值等情況來判斷，只取EK500/EK60、ELAC4700或連續變頻聲納其中一個數值。
多音束測深資料
多音束水深資料的來源包括1990年和美國合作的MW9006航次、1995的EW9509航次、1996年與法國合作的ACT航次，2009年至2017年與美國合作R/V Roger revelle於臺灣周邊探測共以及2009年收錄之黑潮計畫多音束測深成果；而新研究船(新海研1號、新海研2號及新海研3號)的資料已陸續入庫並著手處理中。資料進行聲速校正、船動態修正等處理，利用軟體之圖形處理介面，以人工方式刪掉測深資料中的不合理測值，去除測線航行轉彎處的水深資料，及外側音束量測誤差較大的測值。
全球地形模型
以整編範圍切取GEBCO_2020全球陸地與海底地形模型，繪圖檢視，如有不合理之僞地形則刪除以避免於整編時造成錯誤地形。
